O Programa de Pós-Graduação em Biodiversidade e Conservação possui duas principais grandes linhas de pesquisas (I e II), com as seguintes sub-linhas de pesquisa de seus docentes:
(I) Ecologia, conservação e uso da biodiversidade de ambientes terrestres
1. Ecologia funcional de plantas;
2. Biogeografia, ecologia e conservação de aves;
3. Prospecção molecular de produtos naturais;
4. Estratégias de remediação ambiental;
5. Bioclimatologia;
6. Taxonomia de eudicotiledônias;
7. Ecologia de abelhas e da polinização;
8. Ecologia de anfíbios e reptéis.
(II) Ecologia, conservação e uso da biodiversidade de ambientes aquáticos,
1. Genética da conservação e população de organismos aquáticos;
2. Mudanças climáticas e monitoramento dos organismos aquáticos;
3. Metagenômica, metabarcoding e transcriptoma;
4. Biotecnologia aplicada a reprodução e conservação de peixes;
5. Ecologia e dinâmica de populações de peixes e crustáceos;
6. Biologia reprodutiva de animais aquáticos e morfometria geométrica;
7. Enzimologia aplicada à remediação ambiental.